Często występujące działania niepożądane leflunomidu, oznacza to dotyczące 1-10% pacjentów, obejmują m.in.
Czasami obserwuje się u 0,1-1% pacjentów przyjmujących leflunomid następujące objawy niepożądane:
Rzadko, innymi słowy u 0,01-0,1% pacjentów, zanotowano objawy uboczne tj. palenie się wątroby, żółtaczkę, rozerwane ścięgna, eozynofilię, leukopenię (leukocyty < 2 g/l), pancytopenię także śródmiąższowe choroby płuc (obejmujące ponadto śródmiąższowe palenie się płuc oraz zwłóknienie płuc), które czasem mogą stać na czele do zejścia śmiertelnego.
Bardzo rzadko, oznacza to u 0,01% pacjentów oznacza to mniej, zarejestrowano przypadki poważnego uszkodzenia wątroby z możliwością zejścia śmiertelnego, rumień wielopostaciowy, reakcje anafilaktyczne dodatkowo agranulocytozę.
Aktywny metabolit leflunomidu charakteryzuje się ogromnie długim okresem półtrwania, który wynosi od czasu 1 do 4 tygodni, wewnątrz związku z tym działania niepożądane, np. niedociągnięcie wątroby, reakcje alergiczne, zmiany do wnętrza obrazie krwi, mogą pojawić się poniekąd po zakończeniu kuracji.